這個建筑分成底、中、上三個部分，它們都圍繞這個項目不同部分的特殊需求來設計。博物館的底層懸浮在既有的考古挖掘物之上，底下的柱網是與專家談判協商得來的結果，小心謹慎地布置，以保護挖掘現場。底層包括入口大廳、臨時展廳、一個禮堂和所有的服務設施。一個可以俯瞰考古挖掘物的玻璃坡道通向位于中層的展廳。這些展廳雙層通高，以高高的柱子支撐，非常壯觀。上層由方形的帶有內院的帕特農神廟展廳組成，輕輕地旋轉，以保證檐壁上的大理石雕刻能精確定位，跟它們多個世紀之前在帕特農神廟的一樣。展廳透明外殼為雕塑提供了理想的光線，無論是看雅典衛城還是從雅典衛城看過來，均是如此。外殼使用了最現代的玻璃技術，以保護展廳遠離過度的熱與光。