出現水斑的原因很復雜，有學者認為石材的吸水率較高，石材防護沒做好，大氣降水或者是建筑物滲水浸入到石材內部，造成石材處于水飽和狀態，從而形成水斑。具體問題要具體對待，如果在建筑物某些部位如長期水浸的廁所或水房，管道漏水或者是雨水管部位出現水斑，符合上述觀點。問題是在不是富水的環境的建筑物的墻面或者是高層建筑物的地板普遍出現水斑，用上述觀點解釋不了這種現象的出現，這就需要采用一些手段加以分析，對水斑成分進行分析，在對成分來源進行分析，找到形成水斑的根本原因，有針對性地加以治理。可以說水斑是我們石材應用護理行業遇到的石材最普遍的病癥，也是形成原因最復雜、治理難度最大、未來需要下大力量解決的難題。

　　銹斑的出現實際就是巖石中鐵的成分氧化作用的結果。巖石中的鐵一般都是以二價鐵存在，但二價鐵是不穩定的，與空氣中的氧發生反應，變為三價鐵，形成三氧化二鐵。外來鐵物質污染在石材中少見，不具有普遍性。

　　泛堿的現象在石材采用濕貼安裝后出現較多。實際上堿性物質來源多來自粘結材料，如果采用干掛施工的工藝就不會出現泛堿，同樣，干掛工藝也不會出現水斑。

　　石材變色主要出現在化學穩定性差的石材品種上，這里討論的是室內不受紫外線照射的地方，石材干掛工藝淺色石材顏色變深。典型案例是米白色的洞石（石灰華）在安裝過程中就出現石材墻面由上至下逐漸變黃，隨時間推移，整個墻面完全變黃。石灰華本身化學穩定性就差，空氣中的二氧化碳、二氧化硫、氮氧化物都會與石灰華中的氧化鈣發生反應，尤其是生成的硫化物必然是白色的石材變黃。再有，施工過程中涂料和粘結劑都含有大量的揮發分，這些揮發組分也會與石材發生反應，對這類化學穩定性差的石材產生影響。

　　石材受到有機質的污染后會使得受污染部位顏色加深，長期不褪，吸附灰塵。有機污染物主要來源于油污和動物接觸，尤其是人類經常用手觸摸的地方更容易受到該類污染。實際上，往往在最顯眼的地方，裝飾石材最精細的地方，也是人類接觸最緊密的地方。如樓梯扶手，一般都采用異形高檔大理石裝飾。最不適合的是在公共場所采用漢白玉雕塑制品作為裝飾，這種材料在這樣的環境遭受污染后的狀況可想而知。

　　劣質有機質填縫膠也會造成干掛石材幕墻的污染，一方面對石材規格板材的邊緣有浸染，另一方面對空氣中的灰塵形成吸附，這一問題應該在粘結材料選擇上加以重視。